ISO 9660は交換レベル１、同２、同３の三つに分けることができます。
ISO 9660交換レベル１（以下「交換」は省略します）は基本となるファイルシステムで、多くのOSとの互換が確保されており、通常ISO 9660というとこのレベル１を指します。しかしそれゆえ、データを作成する際には多くの制限があり、その制限はレベル２、レベル３となるにしたがって緩和されますが、互換性は狭まっていくことになります。
以下、各レベルの特徴を列記すると、
・MS-DOSおよびPC-DOS互換を確保するために、ファイル名は「ファイル名＋拡張子」の、いわゆる“8.3形式”しか使えません。
・“8.3形式”ですから、文字種にも制限があり、大文字のアルファベットと０〜９までの半角数字、それにアンダースコア（「_」）だけで、文字コードはASCIIコードです。
・ディレクトリの深度は８階層まで。
・シングルエクステントでなければなりません（ISO 9660レベル３の項で後述）
・上記のレベル１からファイル名の長さ制限を緩和したものです。ファイル名は最大31文字。文字コードがASCIIコードで、文字種の制限があることは変わりません。
・レベル３というのは、レベル２までシングルエクステントが条件だったファイル配置をマルチエクステントに対応できるようにしたもので、他はレベル２と同じです。シングルエクステントというのは「書き込まれたファイルが分断していてはならない」という決まりを言い、ファイルの分断書き込みを認めているのがマルチエクステントです。
ファイルの分断書き込みが起こりうるのは、ランイン／ランアウトがファイルに混在したりファイルそのものが分断しているようなパケットライト時に起こりやすく、別の言い方をすれば、パケットライトで書き込んで最終的にISO 9660でファイナライズをすると（ISOブリッジと言います）、ここで作成されたディスクは必然的にISO 9660レベル３フォーマットになります。このとき、OSもレベル３に対応していなければなりません。
──というような説明をしてくると、ISO 9660フォーマットのディスクを作成することは、何か、とてもむずかしく感じられるかもしれませんが、エンドユーザがファイルシステムの中身を知る必要はまったくありません。現在のライティングソフトのインタフェースの大半は対話形式になっていますから戸惑うことはありませんし、また、PVDやパステーブル、ポインタなど、文字にすると複雑そうな処理も、もちろんライティングソフトが自動的に処理してくれます。
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